/*
* Eoulsan development code
*
* This code may be freely distributed and modified under the
* terms of the GNU Lesser General Public License version 2.1 or
* later and CeCILL-C. This should be distributed with the code.
* If you do not have a copy, see:
*
* http://www.gnu.org/licenses/lgpl-2.1.txt
* http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-C_V1-en.txt
*
* Copyright for this code is held jointly by the Genomic platform
* of the Institut de Biologie de l'École normale supérieure and
* the individual authors. These should be listed in @author doc
* comments.
*
* For more information on the Eoulsan project and its aims,
* or to join the Eoulsan Google group, visit the home page
* at:
*
* http://outils.genomique.biologie.ens.fr/eoulsan
*
*/
package fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio;
import org.junit.Test;
/**
* @author Claire Wallon
*/
public class GenomicIntervalTest {
@Test
public void bidon() {
}
// String gffStr = "chr18\tprotein_coding\texon\t32322743\t32323204\t.\t+\t."
// + "\tID=exon:ENSMUST00000025242:1; PARENT=ENSMUST00000025242;";
// GFFEntry gffEnt = new GFFEntry();
// GenomicInterval gi;
//
// /**
// * @throws java.lang.Exception
// */
// @Before
// public void setUp() throws Exception {
// try {
// gffEnt.parse(gffStr);
// } catch (BadBioEntryException e) {
// fail();
// }
//
// // valid GenomicInterval object
// gi = new GenomicInterval(gffEnt);
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#getChromosome()}.
// */
// @Test
// public void testGetChromosome() {
// assertEquals(gi.getChromosome(), "chr18");
// assertFalse(gi.getChromosome().equals("chr1"));
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#getStart()}.
// */
// @Test
// public void testGetStart() {
// assertEquals(gi.getStart(), 32322743);
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#getEnd()}.
// */
// @Test
// public void testGetEnd() {
// assertEquals(gi.getEnd(), 32323204);
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#getStrand()}.
// */
// @Test
// public void testGetStrand() {
// assertEquals(gi.getStrand(), '+');
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#getLength()}.
// */
// @Test
// public void testGetLength() {
// assertEquals(gi.getLength(), 462);
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#include(int,
// int)}.
// */
// @Test
// public void testInclude() {
// // the interval is included in "gi"
// assertTrue(gi.include(32322800, 32323000));
// // the interval is before "gi"
// assertFalse(gi.include(32322500, 32322600));
// // the interval is after "gi"
// assertFalse(gi.include(32323300, 32323400));
// // the interval overlaps the begin of "gi"
// assertFalse(gi.include(32322700, 32323000));
// // the interval overlaps the end of "gi"
// assertFalse(gi.include(32322800, 32323300));
// // the interval covers "gi"
// assertFalse(gi.include(32322700, 32323300));
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#intersect(int,
// int)}.
// */
// @Test
// public void testIntersect() {
// // the interval is included in "gi"
// assertTrue(gi.intersect(32322800, 32323000));
// // the interval is before "gi"
// assertFalse(gi.include(32322500, 32322600));
// // the interval is after "gi"
// assertFalse(gi.intersect(32323300, 32323400));
// // the interval overlaps the begin of "gi"
// assertTrue(gi.intersect(32322700, 32323000));
// // the interval overlaps the end of "gi"
// assertTrue(gi.intersect(32322800, 32323300));
// // the interval covers "gi"
// assertTrue(gi.intersect(32322700, 32323300));
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#compareTo(
// * fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval)}.
// */
// @Test
// public void testCompareTo() {
// String str =
// "chr18\tprotein_coding\texon\t32351555\t32351624\t.\t-\t.\t"
// + "ID=exon:ENSMUST00000025242:2; PARENT=ENSMUST00000025242; ";
// GFFEntry gff = new GFFEntry();
// try {
// gff.parse(str);
// } catch (BadBioEntryException e) {
// fail();
// }
//
// GenomicInterval genInt = new GenomicInterval(gff);
// assertNotNull(genInt);
//
// assertTrue(gi.compareTo(genInt) < 0);
// assertTrue(genInt.compareTo(gi) > 0);
// assertTrue(gi.compareTo(gi) == 0);
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#equals(java
// * .lang.Object)}.
// */
// @Test
// public void testEqualsObject() {
//
// assertTrue(gi.equals(gi));
//
// Object o = new GenomicInterval("chr18", 32322743, 32323204, '+');
// assertFalse(gi.equals(o)); // ??????
//
// // parentId : ENSMUST00000025242
// // Object exon =
// // new Exon("chr18", 32322743, 32323204, '+', null);
// // assertTrue(gi.equals(exon));
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#toString()}.
// */
// @Test
// public void testToString() {
// String str = "GenomicInterval{chr18 [32322743-32323204]+}";
// assertEquals(str, gi.toString());
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#GenomicInterval
// * (java.lang.String, int, int, char)}.
// */
// @Test
// public void testGenomicIntervalStringIntIntChar() {
//
// // test the condition on the chromosome name
// try {
// GenomicInterval t0 = new GenomicInterval(null, 12, 0, '.');
// assertTrue(false);
// assertNull(t0);
// } catch (NullPointerException e) {
// assertTrue(true);
// }
//
// // first test on start and end positions: the end position
// // have to be greater than the start position
// try {
// GenomicInterval t1 = new GenomicInterval("chrTest", 12, 0, '.');
// assertTrue(false);
// assertNull(t1);
// } catch (IllegalArgumentException e) {
// assertTrue(true);
// }
//
// // second test on start and end positions: the start position
// // have to be greater than 1
// try {
// GenomicInterval t2 = new GenomicInterval("chrTest", 0, 10, '.');
// assertTrue(false);
// assertNull(t2);
// } catch (IllegalArgumentException e) {
// assertTrue(true);
// }
//
// // test on the strand
// try {
// GenomicInterval t3 = new GenomicInterval("chrTest", 0, 10, '!');
// assertTrue(false);
// assertNull(t3);
// } catch (IllegalArgumentException e) {
// assertTrue(true);
// }
//
// // valid test
// GenomicInterval tok = new GenomicInterval("chrOk", 1, 10, '.');
// assertNotNull(tok);
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#GenomicInterval
// * (fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GFFEntry)}.
// */
// @Test
// public void testGenomicIntervalGFFEntry() {
// GenomicInterval tok = new GenomicInterval(gffEnt);
// assertNotNull(tok);
// assertEquals("chr18", tok.getChromosome());
// assertEquals(32322743, tok.getStart());
// assertEquals(32323204, tok.getEnd());
// assertEquals('+', tok.getStrand());
// }
//
// /**
// * Test method for
// * {fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GenomicInterval#GenomicInterval
// * (fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.GFFEntry, java.lang.String)}.
// */
// @Test
// public void testGenomicIntervalGFFEntryString() {
// GenomicInterval tok = new GenomicInterval(gffEnt, "true");
// assertNotNull(tok);
// assertEquals("chr18", tok.getChromosome());
// assertEquals(32322743, tok.getStart());
// assertEquals(32323204, tok.getEnd());
// assertEquals('+', tok.getStrand());
//
// GenomicInterval tok2 = new GenomicInterval(gffEnt, "false");
// assertNotNull(tok2);
// assertEquals("chr18", tok2.getChromosome());
// assertEquals(32322743, tok2.getStart());
// assertEquals(32323204, tok2.getEnd());
// assertEquals('.', tok2.getStrand());
// }
}