TranscriptDTOAnalyzer.java

//package org.genedb.web.mvc.model;
//
//import com.sleepycat.collections.StoredMap;
//
//import groovy.ui.Console;
//
//public class TranscriptDTOAnalyzer {
//
//    private BerkeleyMapFactory bmf;
//
//    public TranscriptDTOAnalyzer(String dirName) {
//        bmf = new BerkeleyMapFactory();
//        bmf.setRootDirectory(dirName);
//        bmf.setReadOnly(true);
//    }
//
//    public static void main(String[] args) throws Exception {
//        TranscriptDTOAnalyzer tda = new TranscriptDTOAnalyzer(args[0]);
//        String[] arguments = args;
//        if (arguments.length <= 1) {
//            arguments = new String[]{"PF11_0282"};
//        }
//        tda.startConsole(arguments);
//    }
//
//
//    public void startConsole(String... geneNames) throws Exception {
//        Console console = new Console();
//        for (int i = 0; i < geneNames.length; i++) {
//            console.setVariable("gene"+(i+1), lookUpFeature(geneNames[i]));
//        }
//        console.run();
//    }
//
//
//    private FeatureDTO lookUpFeature(String uniqueName) throws Exception {
//        String lookupName = uniqueName;
//        StoredMap<Integer, TranscriptDTO> dtoMap = bmf.getDtoMap();
//        if (dtoMap.containsKey(lookupName)) {
//            return dtoMap.get(lookupName);
//        }
//        lookupName = uniqueName + ":mRNA";
//        if (dtoMap.containsKey(lookupName)) {
//            return dtoMap.get(lookupName);
//        }
//        lookupName = uniqueName + ":pseudogenic_transcript";
//        if (dtoMap.containsKey(lookupName)) {
//            return dtoMap.get(lookupName);
//        }
//        System.err.println("Unable to find '"+uniqueName+"'");
//        return null;
//    }
//
//}