FeatureDTOAdaptor.java

//package org.genedb.web.mvc.controller.download;
//
//import java.util.List;
//import java.util.Map;
//
//import org.apache.log4j.Logger;
//import org.genedb.db.domain.objects.PolypeptideRegion;
//import org.genedb.db.domain.objects.PolypeptideRegionGroup;
//import org.genedb.web.mvc.model.DbXRefDTO;
//import org.genedb.web.mvc.model.FeatureCvTermDTO;
//import org.genedb.web.mvc.model.FeatureDTO;
//import org.genedb.web.mvc.model.TranscriptDTO;
//import org.springframework.util.StringUtils;
//
//import com.google.common.collect.Lists;
//
//public class FeatureDTOAdaptor {
//
//	private static final Logger logger = Logger.getLogger(FeatureDTOAdaptor.class);
//
//	private FeatureDTO dto;
//
//	private String fieldDelim;
//
//	private Map<String, List<String>> mapping;
//
//	public FeatureDTOAdaptor(FeatureDTO dto, String fieldDelim) {
//		this.dto = dto;
//		this.fieldDelim = fieldDelim;
//		mapping = dto.getSynonymsByTypes();
//	}
//
//
//	public String getEc() {
//		List<String> xrefs = Lists.newArrayList();
//		for (DbXRefDTO dbxref : dto.getDbXRefDTOs()) {
//			if (dbxref.getDbName().equals("EC")) {
//				xrefs.add(dbxref.getDbName() + ":" + dbxref.getAccession());
//			}
//		}
//		return StringUtils.collectionToDelimitedString(xrefs, fieldDelim);
//	}
//
//	public String getGO() {
//		List<FeatureCvTermDTO> goFeatureCvTerms = Lists.newArrayList();
//		goFeatureCvTerms.addAll(dto.getGoBiologicalProcesses());
//		goFeatureCvTerms.addAll(dto.getGoCellularComponents());
//		goFeatureCvTerms.addAll(dto.getGoMolecularFunctions());
//		List<String> ids = Lists.newArrayList();
//		for (FeatureCvTermDTO fctDTO : goFeatureCvTerms) {
//			ids.add("GO:" + fctDTO.getTypeAccession());
//		}
//		return StringUtils.collectionToDelimitedString(goFeatureCvTerms, fieldDelim);
//	}
//
//	public String getInterpro() {
//		List<String> accessions = Lists.newArrayList();
//		if (dto instanceof TranscriptDTO) {
//			List<PolypeptideRegionGroup> regions = ((TranscriptDTO)dto).getDomainInformation();
//			for (PolypeptideRegionGroup region : regions) {
//				accessions.add(region.getUniqueName());
//				for (PolypeptideRegion polypeptideRegion : region.getSubfeatures()) {
//					accessions.add(polypeptideRegion.getUniqueName());
//				}
//			}
//		}
//		
//		return StringUtils.collectionToDelimitedString(accessions, fieldDelim);
//	}
//
//	public String getPfam() {
//		List<String> accessions2 = Lists.newArrayList();
//		if (dto instanceof TranscriptDTO) {
//			List<PolypeptideRegionGroup> regions2 = ((TranscriptDTO)dto).getDomainInformation();
//			for (PolypeptideRegionGroup region : regions2) {
//				accessions2.add(region.getUniqueName());
//				for (PolypeptideRegion polypeptideRegion : region.getSubfeatures()) {
//					accessions2.add(polypeptideRegion.getUniqueName());
//				}
//	
//			}
//		}
//		return StringUtils.collectionToDelimitedString(accessions2, fieldDelim);
//	}
//
//	public String getPrevIds() {
//		return StringUtils.collectionToDelimitedString(mapping.get("Previous systematic id"), fieldDelim);
//	}
//
//	public String getSynonyms() {
//		return StringUtils.collectionToDelimitedString(mapping.get("Synonym"), fieldDelim);
//	}
//
//	public String getOrganism() {
//		return dto.getOrganismCommonName();
//	}
//
//	public String getGpiAnchor() {
//		return dto.getAlgorithmData().get("DGPI").toString();
//	}
//
//	public String getType() {
//		return dto.getTypeDescription();
//	}
//
//	public String getIsoelectricPoint() {
//		if (dto instanceof TranscriptDTO) {
//			return ((TranscriptDTO)dto).getPolypeptideProperties().getIsoelectricPoint() + fieldDelim;
//		}
//		return null;
//	}
//
//	public String getLocation() {
//		return dto.getLocation() ;
//	}
//
//	public String getMolWeight() {
//		if (dto instanceof TranscriptDTO) {
//			return ((TranscriptDTO)dto).getPolypeptideProperties().getMass() + fieldDelim;
//		}
//		return null;
//	}
//
//	public String getNumTM() {
//		return (String) dto.getAlgorithmData().get("TMHMM") + fieldDelim;
//	}
//
//	public String getPrimaryName() {
//		return dto.getGeneName() + fieldDelim;
//	}
//
//	public String getProduct() {
//		List<String> list = Lists.newArrayList();
//		for (FeatureCvTermDTO fct : dto.getProducts()) {
//			list.add(fct.getTypeName());
//		}
//		return StringUtils.collectionToDelimitedString(list, fieldDelim);
//	}
//
//	public String isSigP() {
//		return dto.getAlgorithmData().containsKey("SignalP") ? "true" : "";
//	}
//
//	public String getContig() {
//		return dto.getTopLevelFeatureDisplayName() + fieldDelim;
//	}
//
//	public String getId() {
//		return dto.getUniqueName() + fieldDelim;
//	}
//}
//