BmfComparison.java

//package org.genedb.web.mvc.model;
//
//import org.genedb.util.MD5Util;
//
//import java.io.ByteArrayOutputStream;
//import java.io.IOException;
//import java.io.ObjectOutput;
//import java.io.ObjectOutputStream;
//import java.util.List;
//import java.util.Map;
//
//import com.google.common.collect.Lists;
//import com.google.common.collect.Maps;
//import com.sleepycat.collections.StoredMap;
//
//public class BmfComparison {
//
//    Map<Integer, String> transcriptMapNew = Maps.newHashMap();
//    Map<Integer, String> contextmapMapNew = Maps.newHashMap();
//    Map<String, String> imageMapNew = Maps.newHashMap();
//
//
//    Map<Integer, String> transcriptMapOrig = Maps.newHashMap();
//    Map<Integer, String> contextmapMapOrig = Maps.newHashMap();
//    Map<String, String> imageMapOrig = Maps.newHashMap();
//
//
//    public BmfComparison(String newDirName, String oldDirName) throws IOException {
//
//        BerkeleyMapFactory bmfNew = new BerkeleyMapFactory();
//        bmfNew.setRootDirectory(newDirName);
//        bmfNew.setReadOnly(true);
//        populateMaps(bmfNew, transcriptMapNew, contextmapMapNew, imageMapNew);
//
//        BerkeleyMapFactory bmfOrig = new BerkeleyMapFactory();
//        bmfOrig.setRootDirectory(oldDirName);
//        bmfOrig.setReadOnly(true);
//        populateMaps(bmfOrig, transcriptMapOrig, contextmapMapOrig, imageMapOrig);
//    }
//
//    private void populateMaps(BerkeleyMapFactory bmf,
//            Map<Integer, String> transcriptMap,
//            Map<Integer, String> contextmapMap,
//            Map<String, String> imageMap) throws IOException {
//
//        populateMapTranscriptDTO(transcriptMap, bmf.getDtoMap());
//        populateMapString(contextmapMap, bmf.getContextMapMap());
//        populateMapByteArray(imageMap, bmf.getImageMap());
//    }
//
//    private void populateMapTranscriptDTO(Map<Integer, String> map,
//            StoredMap<Integer, TranscriptDTO> dtoMap) throws IOException {
//
//        for (Map.Entry<Integer, TranscriptDTO> entry : dtoMap.entrySet()) {
//            FeatureDTO dto = entry.getValue();
//            ByteArrayOutputStream buffer = new ByteArrayOutputStream();
//            ObjectOutput out = new ObjectOutputStream(buffer);
//            out.writeObject(dto);
//            out.close();
//            String md5 = MD5Util.getMD5(buffer.toByteArray());
//            map.put(entry.getKey(), md5);
//        }
//    }
//
//    private void populateMapByteArray(Map<String, String> map, StoredMap<String, byte[]> bmfMap) {
//        for (Map.Entry<String, byte[]> entry : bmfMap.entrySet()) {
//            String md5 = MD5Util.getMD5(entry.getValue());
//            map.put(entry.getKey(), md5);
//        }
//    }
//
//
//    private void populateMapString(Map<Integer, String> map, StoredMap<Integer, String> bmfMap) {
//        for (Map.Entry<Integer, String> entry : bmfMap.entrySet()) {
//            String md5 = MD5Util.getMD5(entry.getValue());
//            map.put(entry.getKey(), md5);
//        }
//    }
//
//
//
//    private void compare() throws Exception {
//
//        compareMaps("TranscriptDTOs", transcriptMapNew, transcriptMapOrig);
//        compareMaps("Context Maps", contextmapMapNew, contextmapMapOrig);
//        compareMaps("Protein Maps", imageMapNew, imageMapOrig);
//    }
//
//    private <T> void compareMaps(String label,
//            Map<T, String> modified,
//            Map<T, String> orig) {
//
//        List<T> newIds = Lists.newArrayList();
//        List<T> missingIds = Lists.newArrayList();
//        List<T> changedIds = Lists.newArrayList();
//        List<T> sameIds = Lists.newArrayList();
//
//        for (T key : modified.keySet()) {
//            if (!orig.containsKey(key)) {
//                newIds.add(key);
//                continue;
//            }
//            if (modified.get(key).equals(orig.get(key))) {
//                sameIds.add(key);
//            } else {
//                changedIds.add(key);
//            }
//            orig.remove(key);
//        }
//
//        missingIds.addAll(orig.keySet());
//
//        System.out.println("\n\n\n"+label);
//        displayLabels("Newly added ids", newIds);
//        displayLabels("Removed ids", missingIds);
//        displayLabels("Changed ids", changedIds);
//        displayLabels("Unchanged ids", sameIds);
//    }
//
//    private <T> void displayLabels(String string, List<T> ids) {
//        System.out.println("\n\n"+string + "  "+ids.size());
//        for (T key : ids) {
//            System.out.println(key);
//        }
//    }
//
//    public static void main(String[] args) throws Exception {
//        BmfComparison tdc = new BmfComparison(args[0], args[1]);
//        tdc.compare();
//    }
//
//
//}