/*
The MIT License (MIT)
Copyright (c) 2014 Pierre Lindenbaum
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SOFTWARE.
History:
* 2015 : creation
*/
package com.github.lindenb.jvarkit.tools.misc;
import java.io.File;
import java.util.LinkedList;
import java.util.List;
import htsjdk.samtools.SamReader;
import htsjdk.samtools.SAMFileHeader;
import htsjdk.samtools.SAMFileWriter;
import htsjdk.samtools.SAMRecord;
import htsjdk.samtools.SAMRecordIterator;
import htsjdk.samtools.util.CloserUtil;
import com.beust.jcommander.Parameter;
import com.beust.jcommander.ParametersDelegate;
import com.github.lindenb.jvarkit.util.jcommander.Launcher;
import com.github.lindenb.jvarkit.util.jcommander.Program;
import com.github.lindenb.jvarkit.util.log.Logger;
import com.github.lindenb.jvarkit.util.picard.SAMSequenceDictionaryProgress;
/**
BEGIN_DOC
## Example
```
$ make bamtile && \
curl -s "ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/working/20110915_CEUtrio_b37_decoy_alignment/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37_decoy.NA12892.clean.dedup.recal.bam" |\
java -jar dist/bamtile.jar
(...)
B00EGABXX110201:5:25:14956:33658 121 1 9994 23 101M = 9994 0 CTTCCGATCTCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC AC:C;BA<CACCDCD=CACBD9?AE?D?CDECDDDDECDDDDECDDDDEDD?DDECDCDDDCECDDECECDDEDECDDDBDADDD?DBDDD@DACCDAC@A X0:i:1 X1:i:1 XA:Z:X,+155260188,101M,5; MD:Z:0T0G6A0A91 RG:Z:B00EG.5 XG:i:0 AM:i:0 NM:i:4 SM:i:23 XM:i:4 XN:i:7 XO:i:0BQ:Z:\^U^V]\W^\PPQPQJPNPOQFLNRLQLPQRPQQQQRPQQQQRPQQQQRQQLQQRPQPQQQPRPQQRPRPQQRQRPQQQOQNQQQLQOQQQMQNPPQNPMN OQ:Z:EE:EEEC;EACEEEE7DBCCD/<>@>D6ADDEFBFEDCE>EFECE@FFFFF9EEDDG@GFGFHEHHHFHFHHHHHHGGGFGCGGG@HFHHHEHFHHHGHHH XT:A:U
B06PYABXX110322:7:2203:15946:92062 99 1 10091 1 87M1I3M1I7M2S = 10378 371 TAACCCTAACCCTAACCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAACCCTAAA AACACCDCEBCCDCEBDBCECDDEBDCDDEDEB@DDCECCDEDFBDCBEDB<CECE@CCCECCBAAEBDBDCD@DBCCE7D@@@C?DBACC76<A4>D### X0:i:1 X1:i:3XA:Z:1,+10091,87M1I3M1I7M,5;21,-48119790,5M1I33M1I59M,5;1,-249240224,5M1I27M1D6M1I59M,5; XC:i:99 MD:Z:47T49 RG:Z:B06PY.7 XG:i:2 AM:i:1 NM:i:3 SM:i:1 XM:i:2 XO:i:1 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@\^[@QU@@@@@@@ MQ:i:1 OQ:Z:HHHHGHGHHHHHHGHHGEHHGHHHEFHHHHHFF@HFFHHFHDHHDHFBFEF<FEEFBDFEEFBFBBDCEEDC=?EDDEE5DAAAA=EEBF?55:C5=@### XT:A:U
B00EGABXX110201:6:47:12319:33409 99 1 10185 29 63M1D38M = 10363 267 CTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA ABADBCCDBEBCCDCECDDECECDDECFCDDECECDDE@ECCDDECBDDDECECCDF=E@CDFCA<CBFAE?CC@ECEBCDE?EBC=D>D@BAA5:579;6 X0:i:3 X1:i:4MD:Z:43T0A18^A8A29 RG:Z:B00EG.6 XG:i:1 AM:i:0 NM:i:4 SM:i:0 XM:i:3 XO:i:1 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@Z]__`]@@@@@@@@@@@@@@@@@^[@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:37 OQ:Z:HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHAHHFHHFHFFHHCHFHEEB=GDDECB=@CCAACACCBEFEFFHH?HHF@A?EDDC;57:;<46 XT:A:R
B00EGABXX110201:5:3:9889:46988 163 1 10285 29 49M1D52M = 10398 177 TAACCCTAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCTAACCCTACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCC >AA@ABCBCACCCBCBBCCBD9BCB?EABCCCDBBB=ACACBCBDBCC6C>@BB=BC?B9/A3<98:898679:6B<=B7>AA7@39858795281?588, X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:6C35T6^T5T42A3 RG:Z:B00EG.5 XG:i:1 AM:i:29 NM:i:5 SM:i:29 XM:i:4 XO:i:1 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@GKMA@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:29 OQ:Z:HHEHHHHHFHHHHFFHFHHFFBFGFCHFFHHHFHFFBDEFFFFEFFFF<F>EEEBEEEE>*D5C@>6<B?=2=<>EA:E9DDD2D5A>=5;;@:@+C@@?3 XT:A:U
C00D5ABXX110314:1:1104:14854:27916 147 1 10368 29 1S18M2D2M1D6M1D52M1I20M1S = 10195 -274 ACTACCCCTAACCCTAACCAACCCTAACCCTAACCCTAACACTAACCCTAACCCTCACCCTCACCCTAACCCTTAACCCTTAACCCTAACCCTCACCCTCA #@;@,=68.6070316>;@>:BAD@D4BBDCB=ECDEFDECEEFDDDAEEDDDDDD:CCDDDCCADDEDBDDCDDC@DDEDDBDDCCD@CCBCB7ABBCA? MD:Z:3A14^CT2^C6^C13C14A5A10C19A6 RG:Z:C00D5.1 XG:i:5 AM:i:29 NM:i:11 SM:i:29 XM:i:6 XO:i:4 BQ:Z:@[V[GXQSIQKRKNLQYV[YU]\_[_O]]_^]X`^_`a_`^``a___\``______U^^___^^\__`_]__^__^[__@__]__^^_[^^]^]R\]]^\@ MQ:i:29OQ:Z:#@:?0?65-3'83113<?>:7DDD@C0DDDBB<GEEGGFGDGGGFGHEHHFFFFCF:EEEDHEFCIFGEDGGBGEFCGGFGFCGGFEGAGGEDE7EGHHHH XT:A:M
B00EGABXX110201:6:27:4809:82569 163 1 10467 60 101M = 10517 150 CTCGCGGTACCCTCAGCCGGCCCGCCCGCCCGGGTCTGACCTGAGGAGAACTGTGCTCCGCCTTCAGAGTACCACCGAAATCTGTGCAGAGGACAACGCAG >BA9B:@BAA?CD@BCB6:C'=<5=AB92B66A=;>DCA@BDA8<BBC+C@EDCDDE:C:?A@BA@@BA7B3?B@=8=-=@=@;>A7;ADCB4B:C?:C;7 X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:101 RG:Z:B00EG.6 XG:i:0 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 XM:i:0 XO:i:0 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:60 OQ:Z:HEGHHGCGGGCHGDGFF=DF.AB=BEEA6E=<C@:BEEBEEEB9;DDD*DEFFFFGG?FECD>DDBADC4E=CEEB@?.@CB@;@C=ACGEE6G?EEDG@5 XT:A:U
C00D5ABXX110314:6:1105:12956:64901 147 1 10525 15 101M = 10316 -309 CGCCTTCAGAGTACCACCGAAATCTGTGCAGAGGACAACGCAGCTCCGCCCTCGCGGTGCTCTCCGGGTCTGTGCTGAGGAGAACGCAACTCCGCCGGCGC 9796<37;:4:?2=@6;8>BB8ADDC>@CDCECA;DA6;BBCAEAD<CDDD?<D;A@CBCDDD?8CC>EDCA<BCDBDB?DBCB;@BDACAC;BB:BA9A> X0:i:1 X1:i:1 XA:Z:12,+94998,101M,3; MD:Z:97T0T2 RG:Z:C00D5.6 XG:i:0 AM:i:15 NM:i:2 SM:i:15 XM:i:2 XO:i:0 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@D@DA MQ:i:15 OQ:Z:A6;181157.:=+>=1;?<A>2<EEG;@CCFDDA7DB3ECBBBH?HHFHFF8EECBABBCBEDB?EHBEHFF:CFHEFFBDDECEBFFBFAHHHHHHHHHH XT:A:U
B00EGABXX110201:6:3:7973:149498 83 1 10740 0 66S35M = 10473 -301 GGCCCCCCCCTCGCGGTACTTGCTGGGTCTGTTGTGAGGAGAACGCAACTCCGCCGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGAG ###################################################################=E<E?1<A8BC;>9A?8BB;6CCBB:BBCAA?@> X0:i:39 XC:i:35 MD:Z:35 RG:Z:B00EG.6 XG:i:0 AM:i:0 NM:i:0 SM:i:0 XM:i:0 XO:i:0 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@>X`W`ZLW\S]^VYT\ZS]]VQ^^]]U]]^\\Z[Y MQ:i:37 OQ:Z:###################################################################?E<DA2EC?EED@BDB?EE@7FFFFEFFFFDFFF XT:A:R
B00EGABXX110201:4:24:10501:106133 99 1 10760 0 35M66S = 11009 331 CGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGGCGGCGCAAGCGCAGAGACACATGCTCCCGGGACCAAGGGTCGGGGGCGGGGGGCGCGGAGCGGCCGCCCACCACC 8437>8794;<9>*B<7;################################################################################### X0:i:50 XC:i:35 MD:Z:25C7G1 RG:Z:B00EG.4 XG:i:0 AM:i:0 NM:i:2 SM:i:0 XM:i:2 XO:i:0 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:0 OQ:Z:<66:96:<6866:)@<8@################################################################################### XT:A:R
B06PYABXX110322:6:1208:11671:56074 163 1 10782 0 35M66S = 10883 186 GCGCCGGCGCAGGCGCAGACACATGCTAGCGCGTCCGGGGGGGAGGCGTGGCGCAGGAGCAGAGAGGCGCGGAGCGCCCGCGGAGGCGCAGAGACAGATGC <A9A:7CB;CBCCB:CBCDBCBB0C?23?######################################################################## X0:i:2 X1:i:1 XA:Z:1,+10782,101M,0;hs37d5,+9321764,101M,1; XC:i:35 MD:Z:35 RG:Z:B06PY.6 XG:i:0 AM:i:0 NM:i:0 SM:i:0 XM:i:0XO:i:0 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:0 OQ:Z:BEEE=BGFGGHEHFFGDDGGGGF-D?.5?######################################################################## XT:A:R
B00EGABXX110201:5:44:9232:74422 163 1 10824 0 101M = 11008 258 AGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGACACATGCTACCGCGTCCAGGGGTGGAGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGAGGC >BAA9@BCB:CBDCA:BCDCDBCC=:C8@B81:7B8?4/<<A>+29:?<@=8::=BDCBB9<6<;;BA;=C?=9?C7A94/182&($'3587-1?>@6*=# X0:i:2 X1:i:1 XA:Z:15,-102520246,101M,0;hs37d5,+9321807,101M,1; MD:Z:101 RG:Z:B00EG.5 XG:i:0 AM:i:0 NM:i:0 SM:i:0 XM:i:0XO:i:0 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:0 OQ:Z:HFFGFEFHGHHGHHEFFHHFHEEFBCFBDEB7C<EAB92AABA17>>?>><?>BAEFFCEBB?AE9EDA=EBA7@E:C<93*76,.&'19>@33>AA:(A# XT:A:R
C00D5ABXX110314:5:2102:8433:99141 99 1 10923 0 87M14S = 10968 129 GCGCACCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGACACATGCTAGCGCGTCCAGGGGTGGAGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGACGCAAGCCTACGGGCGGGGGGTGGGG BA:CCBC;C<DD<DD<DDEDC<DEEEDEBDCCDCDEDEC<D<CDDDDDDD?DD>C@B;>D@C<?4C>+:@-A/B..65,9=5850A############### X0:i:2 X1:i:1 XA:Z:1,+10923,101M,0;hs37d5,+9321906,101M,1; XC:i:87 MD:Z:87 RG:Z:C00D5.5 XG:i:0 AM:i:0 NM:i:0 SM:i:0 XM:i:0XO:i:0 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:0 OQ:Z:HHHHHHHHHGGHHGHHHFHHFHHGHFFEFFGCHFFEFHHHHHBHHEEEFF:DE9>A>A7AAAA;.??,<;';*:*.63(3637/.A############### XT:A:R
B00EGABXX110201:4:24:10501:106133 147 1 11009 0 18S83M = 10760 -331 CAGAGGCCGCAGCGCAACGGGCGGGGGTTGGGGGGGCGTGTGTGGCAGGAGCAAAGTCGCACGGCGCCGGGCTGGGGCGGGGGGAGGGTGGCGCCGTGCAC ###################95&<</<$17599%A?>76?B?>A6A=DBBBC@=>>9>4>>>8B:;CD6BBC><<?<A8<B:BBA@BCBBCC:BB:@A@A@> X0:i:2 X1:i:0 XA:Z:15,+102520079,101M,1; XC:i:83 MD:Z:25T57 RG:Z:B00EG.4 XG:i:0 AM:i:0 NM:i:1 SM:i:0 XM:i:1 XO:i:0BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@>TPAWWJW?LRPTT@\ZYRQZ]ZY\Q\X_]]]^[XYYTYOYYYS]UV^_Q]]^YWWZW\SW]U]]\[]^]]^^U]]U[\[\[Y MQ:i:0 OQ:Z:###################@;)AA6A./;=?>(DCB@@BFCDD=D=EEEBE>@?:A@;BB=@E?EFG?FFF=?BCBDBBE>FFD?FHHGHGFGIEGGEHHG XT:A:R
B06PYABXX110322:7:2107:20624:6619 99 1 11082 0 101M = 11276 288 CGCCGTGCACGCGCAGAAACTCACGTCACGGTGGCGCGGCGCAGAGACGGGGAGAACCTCAGTAATCCGAAAAGCCGGGATCGACCGCCCCTTGCTTGCAG @9AB;BCCCB<C<CCDDEEBCCDC;ADCC=CBDCC=C<DC;DCDADB?<DC#B@=B?AC>>@8@>?CB;2CBCCC>8??A<A:AB8::C@26>@=@?B<B# X0:i:3 X1:i:0 XA:Z:1,+11082,101M,1;hs37d5,+9322064,101M,1; MD:Z:51T49 RG:Z:B06PY.7 XG:i:0 AM:i:0 NM:i:1 SM:i:0 XM:i:1XO:i:0 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:0 OQ:Z:GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCFGGEAGFGGECGDFGCGFCCDDF>EABFED(A;7A?A=;9;.>:9DAC.A@A@>??AA?4AA>D7B7D@1.:::9<>9B# XT:A:R
B00EGABXX110201:5:3:10660:82271 83 1 11181 0 101M = 11111 -170 AGCCGGGCACTACAGGACCCGCTTGCTCACGGTGCTGTGCCAGGGCGCCCCCTGCTGGCGACTAGGGCAACTGCAGGGCTCTCTTGCTTAGAGTGGTGGCC #?A7A?;@@@?5??:4AA'<ADCCDDDDE<DBCDECBCCDDECDD<9DDDDEDDECDD=DCECEDDDDECECDDEDDDEDEDEECDEECDCDBBCBBBBBA X0:i:7 X1:i:0 MD:Z:101 RG:Z:B00EG.5 XG:i:0 AM:i:0 NM:i:0 SM:i:0 XM:i:0 XO:i:0 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:0 OQ:Z:#BC;CB??<<?.:7=5<B,@BFBFFFHHBHHHHHHHHBDFFFHHFF9FFGFHFHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH XT:A:R
```
print name and prev.end-current.start with awk:
```
curl -s "ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/working/20110915_CEUtrio_b37_decoy_alignment/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37_decoy.NA12892.clean.dedup.recal.bam" |\
java -jar dist/bamtile.jar| grep -v '^@' |\
awk -F ' ' 'BEGIN{prev=-1;} {printf("%s %d\n",$1,int($4)-prev);prev=int($4)+length($10);}'
B00EGABXX110201:5:25:14956:33658 9995
B06PYABXX110322:7:2203:15946:92062 -4
B00EGABXX110201:6:47:12319:33409 -7
B00EGABXX110201:5:3:9889:46988 -1
C00D5ABXX110314:1:1104:14854:27916 -18
B00EGABXX110201:6:27:4809:82569 -2
C00D5ABXX110314:6:1105:12956:64901 -43
B00EGABXX110201:6:3:7973:149498 114
B00EGABXX110201:4:24:10501:106133 -81
B06PYABXX110322:6:1208:11671:56074 -79
B00EGABXX110201:5:44:9232:74422 -59
C00D5ABXX110314:5:2102:8433:99141 -2
B00EGABXX110201:4:24:10501:106133 -15
B06PYABXX110322:7:2107:20624:6619 -28
B00EGABXX110201:5:3:10660:82271 -2
B06PYABXX110322:8:2208:13299:179018 -4
B00EGABXX110201:6:1:18827:122731 -7
B00EGABXX110201:5:68:12590:13115 -1
C00D5ABXX110314:5:2201:6237:9231 -1
B00EGABXX110201:5:8:4957:37361 -1
C00D5ABXX110314:5:1208:12083:200469 -1
B00EGABXX110201:5:7:6075:93915 -1
B00EGABXX110201:5:27:16780:84550 -4
B06PYABXX110322:6:1107:4742:50543 -11
B06PYABXX110322:7:1205:12471:106838 -1
B00EGABXX110201:5:26:7748:160165 -2
B00EGABXX110201:4:27:18455:19154 -17
B06PYABXX110322:5:2101:14995:168978 -11
B00EGABXX110201:5:61:10922:47487 -4
C00D5ABXX110314:2:1201:10252:100348 -4
B06PYABXX110322:8:1108:2771:165330 -7
B06PYABXX110322:8:2107:4542:82481 -1
B06PYABXX110322:5:2107:16237:128403 -8
B00EGABXX110201:6:2:7795:198129 -12
B06PYABXX110322:8:1106:17730:27458 -5
B06PYABXX110322:8:1204:15694:112071 -1
C00D5ABXX110314:6:1208:8777:72655 -1
B06PYABXX110322:5:2201:2780:172842 -2
B06PYABXX110322:5:2203:9768:100733 -2
B06PYABXX110322:5:2106:4346:156704 -4
B06PYABXX110322:5:2206:18887:48252 -3
B06PYABXX110322:6:2107:10460:183803 -2
B06PYABXX110322:5:2204:6403:169005 -11
B00EGABXX110201:5:5:7775:24618 -14
C00D5ABXX110314:2:2104:4859:131692 -1
B06PYABXX110322:6:2108:18994:79163 -2
B06PYABXX110322:6:1202:11434:192811 -3
B06PYABXX110322:5:2207:5218:123898 -1
B06PYABXX110322:6:2108:10847:149590 -9
B06PYABXX110322:8:1204:19832:68914 -3
```
END_DOC
*/
@Program(
name="bamtile",
description="Answer to @sjackman : Is there a bedtools command to determine a minimal tiling path? A minimal set of features that cover a maximum of the target."
)
public class BamTile
extends Launcher
{
private static final Logger LOG = Logger.build(BamTile.class).make();
@ParametersDelegate
private WritingBamArgs writingBamArgs=new WritingBamArgs();
@Parameter(names={"-o","--output"},description="Output file. Optional . Default: stdout")
private File outputFile = null;
public BamTile()
{
}
@Override
public int doWork(final List<String> args)
{
SAMRecordIterator iter=null;
SamReader sfr=null;
SAMFileWriter sfw =null;
try
{
sfr = openSamReader(oneAndOnlyOneFile(args));
SAMFileHeader header1=sfr.getFileHeader();
if(header1==null)
{
return wrapException("File header missing");
}
if(header1.getSortOrder()!=SAMFileHeader.SortOrder.coordinate)
{
return wrapException("File header not sorted on coordinate");
}
SAMFileHeader header2=header1.clone();
header2.addComment("BamTile:"+getVersion()+":"+getProgramCommandLine());
sfw = this.writingBamArgs.openSAMFileWriter(this.outputFile,header2, true);
SAMSequenceDictionaryProgress progress=new SAMSequenceDictionaryProgress(header1);
iter=sfr.iterator();
LinkedList<SAMRecord> buffer=new LinkedList<>();
for(;;)
{
SAMRecord rec=null;
if( iter.hasNext())
{
rec= progress.watch(iter.next());
if(rec.getReadUnmappedFlag()) continue;
if(!buffer.isEmpty())
{
SAMRecord last= buffer.getLast();
if( last.getReferenceIndex()==rec.getReferenceIndex() &&
last.getAlignmentStart()<=rec.getAlignmentStart() &&
last.getAlignmentEnd()>=rec.getAlignmentEnd())
{
continue;
}
}
}
if(rec==null || (!buffer.isEmpty() && buffer.getLast().getReferenceIndex()!=rec.getReferenceIndex()))
{
while(!buffer.isEmpty())
{
sfw.addAlignment(buffer.removeFirst());
}
if(rec==null) break;
}
buffer.add(rec);
if(buffer.size()>2)
{
int index = buffer.size();
SAMRecord prev = buffer.get(index-3);
SAMRecord curr = buffer.get(index-2);
SAMRecord next = buffer.get(index-1);
if( prev.getAlignmentEnd() >= next.getAlignmentStart() ||
curr.getAlignmentEnd() <= prev.getAlignmentEnd())
{
buffer.remove(index-2);
}
else if(curr.getAlignmentStart() == prev.getAlignmentStart() &&
curr.getAlignmentEnd() > prev.getAlignmentEnd()
)
{
buffer.remove(index-3);
}
}
while(buffer.size()>3)
{
sfw.addAlignment(buffer.removeFirst());
}
}
progress.finish();
LOG.info("done");
return RETURN_OK;
}
catch(Exception err)
{
return wrapException(err);
}
finally
{
CloserUtil.close(iter);
CloserUtil.close(sfr);
CloserUtil.close(sfw);
}
}
/**
* @param args
*/
public static void main(String[] args)
{
new BamTile().instanceMainWithExit(args);
}
}