package open.dolphin.impl.labrcv;
import java.io.*;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Path;
import java.text.SimpleDateFormat;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Date;
import java.util.List;
import open.dolphin.client.ClientContext;
import open.dolphin.client.LabResultParser;
import open.dolphin.infomodel.NLaboItem;
import open.dolphin.infomodel.NLaboModule;
/**
*
* @author Kazushi Minagawa, Digital Globe, Inc.
*/
public class WolfParser implements LabResultParser {
private static final String WOLF = "WOLF";
private String encoding = "SHIFT-JIS";
private final boolean DEBUG=false;
public WolfParser() {
}
/**
* 入力ストリームの検査結果をパースする。
* @param labFile
* @return
* @throws java.io.IOException
*/
@Override
public List<NLaboImportSummary> parse(Path labFile) throws IOException {
String line;
String curKey = null;
NLaboModule curModule = null;
List<NLaboModule> allModules = new ArrayList<>();
List<NLaboImportSummary> retList = new ArrayList<>();
SimpleDateFormat defaultDF = new SimpleDateFormat(DEFAULT_DATE_FORMAT);
SimpleDateFormat df8 = new SimpleDateFormat(DATE_FORMAT_8);
BufferedReader reader = new BufferedReader(
new InputStreamReader(
Files.newInputStream(labFile), getEncoding()));
int number=-1;
while ((line = reader.readLine()) != null) {
number++;
line=line.replaceAll("\"", "");
//System.err.println(number + "=" + line);
if (line.equals("") || line.length()==0) {
continue;
}
String[] data = line.split(CSV_DELIM); // CSV
if (data.length==0) {
continue;
}
//System.err.println(number + "=" + data.length);
String labCode = data[0];
String sampleDate = data[1];
String orderId = data[2];
String patientId = data[3];
String karteNo = data[4];
String patientName = data[5]; // HALF
String birthday = data[6];
String patientSex = data[7];
if (DEBUG) {
StringBuilder sb = new StringBuilder();
sb.append("------------------------------------------").append("\n");
sb.append(labCode).append(" ");
sb.append(sampleDate).append(" ");
sb.append(orderId).append(" ");
sb.append(patientId).append(" ");
sb.append(karteNo).append(" ");
sb.append(patientName).append(" ");
sb.append(birthday).append(" ");
sb.append(patientSex);
System.err.println(sb.toString());
}
Date date;
// YYYYMMDD
try {
date = df8.parse(sampleDate);
sampleDate = defaultDF.format(date);
} catch (Exception e) {
java.util.logging.Logger.getLogger(this.getClass().getName()).warning(e.getMessage());
throw new IOException(e.getMessage());
}
// key for the parse line
// spect=sampleDate+orderId dolphin=pid+sampleDate+labId
StringBuilder key = new StringBuilder();
key.append(sampleDate);
key.append(orderId);
String testKey = key.toString();
if (!testKey.equals(curKey)) {
curKey = testKey;
// 新しい current module を生成する
curModule = new NLaboModule();
curModule.setLaboCenterCode(labCode);
if (patientId!=null && karteNo!=null) {
if ((!patientId.equals("")) && (!karteNo.equals(""))) {
curModule.setPatientId(patientId);
}
}
if (curModule.getPatientId()==null) {
curModule.setPatientId(karteNo);
}
curModule.setPatientName(patientName);
curModule.setPatientSex(patientSex);
curModule.setSampleDate(sampleDate);
curModule.setReportFormat(WOLF);
curModule.setModuleKey(curKey);
allModules.add(curModule);
}
NLaboItem item = new NLaboItem();
//item.setPatientId(patientId); // カルテ番号
item.setPatientId(curModule.getPatientId()); // カルテ番号
item.setSampleDate(sampleDate); // 検体採取日
int index = 8;
String resultType = null;
StringBuilder sortKey = new StringBuilder();
StringBuilder comment1 = new StringBuilder();
StringBuilder comment2 = new StringBuilder();
while (index < data.length) {
String val = data[index];
if (val != null) {
val = val.trim();
}
if (val == null || val.equals("")) {
index++;
continue;
}
//----------------------------------------------------
// 患者ID fid:Pid
// ラボコード
// 患者氏名
// 患者性別
// 検体採取日または検査受付日時
// この検査モジュールに含まれている検査項目の数
// module key = 患者ID+検体採取日+ラボコード
// -- module-key を追加
// -- report_format を追加
//-----------------------------------------------------
// 乳ビ item.setLipemia(val)
// 溶血 item.setHemolysis(val)
// 透析 item.setDialysis(val) ○
// 報告状況 item.setReportStatus(val)
// グループコード item.setGroupCode(val)
// グループ名称 item.setGroupName(val)
// 検査項目コード・親 item.setParentCode(val)
// 検査項目コード item.setItemCode(val) ○
// MEDIS コード item.setMedisCode(val)
// 検査項目名 item.setItemName(val) ○
// 異常区分 item.setAbnormalFlg(val) ○（異常値区分）
// 基準値 item.setNormalValue(val) ○（表示基準値）
// 検査結果 item.setValue(val) ○ +（結果値形態）
// 単位 item.setUnit(val) ○
// 検体材料コード item.setSpecimenCode(val)
// 検体材料名称 item.setSpecimenName(val)
// コメントコード1 item.setCommentCode1(val)
// コメント1 item.setComment1(val)
// コメントコード2 item.setCommentCode2(val)
// コメント2 item.setComment2(val)
//------------------------------------------------------
// sort key = グループコード+検査項目コード・親+検査項目コード
// MEDIS分析物コード+材料コード+負荷情報
//------------------------------------------------------
// -- sort-key を追加
// -- 食事区分,妊娠週数,入外区分,項目区分,再検区分,正常値区分,正常値1,正常値2
// -- フリーコメント,補助コメント1,補助コメント2,基準値コメント --> 集約
switch (index) {
case 8:
// 1:透析前 2:透析後
debug("透析区分", val);
item.setDialysis(val);
break;
case 9:
debug("食事区分", val);
break;
case 10:
debug("妊娠週数", val);
break;
case 11:
// yyyymmdd
debug("採取日", val);
break;
case 12:
// 1:入院 2:外来
debug("入外区分", val);
break;
case 13:
debug("結果フリーコメント", val);
comment1.append(val);
break;
case 14:
debug("検査項目コード", val);
item.setItemCode(val);
break;
case 15:
debug("検査項目名称", val);
item.setItemName(val);
break;
case 16:
// 1:単項目 2:分画親項目 3:分画子項目
debug("項目区分", val);
break;
case 17:
// ソートのみに利用する sort=MEDIS分析物コード(5桁) + 材料コード(3桁) + 負荷情報(3桁)
debug("MEDIS 分析物コート", val);
sortKey.append(val);
break;
case 18:
// ソートのみに利用する sort=MEDIS分析物コード(5桁) + 材料コード(3桁) + 負荷情報(3桁)
debug("材料コート", val);
sortKey.append(val);
break;
case 19:
// WOLF 未使用
debug("材料名", val);
break;
case 20:
// ソートのみに利用する sort=MEDIS分析物コード(5桁) + 材料コード(3桁) + 負荷情報(3桁)
debug("負荷情報", val);
sortKey.append(val);
break;
case 21:
// 0:初回検査 1:再検中 2:再検済み 3:再々検済み
debug("再検区分", val);
break;
case 22:
// H:高値 L:低値 !:異常値
debug("異常値区分", val);
item.setAbnormalFlg(val);
break;
case 23:
// E:以下 L:未満 U:以上
debug("結果値形態", val);
resultType = val;
break;
case 24:
debug("検査結果", val);
item.setValue(val);
break;
case 25:
debug("単位", val);
item.setUnit(val);
break;
case 26:
debug("表示基準値", val);
item.setNormalValue(val);
break;
case 27:
// -:範囲 E:以下 L:未満 U:以上
debug("正常値区分", val);
break;
case 28:
debug("正常値1", val);
break;
case 29:
debug("正常値2", val);
break;
case 30:
// WOLF 未使用
debug("結果補助コメント1コート", val);
break;
case 31:
debug("結果補助コメント1内容", val);
comment2.append(val);
break;
case 32:
// WOLF 未使用
debug("結果補助コメント2コート", val);
break;
case 33:
debug("結果補助コメント2内容", val);
if (comment2.length()>0) {
comment2.append(":");
}
comment2.append(val);
break;
case 34:
// WOLF 未使用
debug("基準値コメントコート", val);
break;
case 35:
debug("基準値コメント内容", val);
if (comment2.length()>0) {
comment2.append(":");
}
comment2.append(val);
break;
}
index++;
}
// sort-key
if (sortKey.length()>0) {
item.setSortKey(sortKey.toString());
}
// 検査結果値を表現する
if (item.getValue() == null || item.getValue().equals("")) {
String resultValue = NO_RESULT;
item.setValue(resultValue);
} else {
if (resultType!=null) {
StringBuilder sb = new StringBuilder();
sb.append(item.getValue()).append(" ").append(resultType);
item.setValue(sb.toString());
}
}
// cmmonet1
if (comment1.length()>0) {
item.setComment1(comment1.toString());
}
// cmmonet2
if (comment2.length()>0) {
item.setComment1(comment2.toString());
}
// GropuCode, GroupName,parentCode
item.setGroupCode(curModule.getLaboCenterCode());
item.setGroupName(curModule.getLaboCenterCode());
item.setParentCode(item.getItemCode());
// 関係を構築する
curModule.addItem(item);
item.setLaboModule(curModule);
}
reader.close();
// サマリを生成する
for (NLaboModule module : allModules) {
NLaboImportSummary summary = new NLaboImportSummary();
summary.setLaboCode(module.getLaboCenterCode());
summary.setPatientId(module.getPatientId());
summary.setPatientName(module.getPatientName());
summary.setPatientSex(module.getPatientSex());
summary.setSampleDate(module.getSampleDate());
summary.setNumOfTestItems(String.valueOf(module.getItems().size()));
summary.setModule(module);
retList.add(summary);
}
return retList;
}
/**
* @return the encoding
*/
public String getEncoding() {
return encoding;
}
/**
* @param encoding the encoding to set
*/
public void setEncoding(String encoding) {
this.encoding = encoding;
}
private void debug(String item, String value) {
if (DEBUG) {
StringBuilder sb = new StringBuilder();
sb.append(item);
sb.append("=");
sb.append(value);
System.err.println(sb.toString());
}
}
}