package open.dolphin.impl.labrcv;
import java.io.*;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Path;
import java.text.SimpleDateFormat;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Date;
import java.util.List;
import open.dolphin.client.ClientContext;
import open.dolphin.client.LabResultParser;
import open.dolphin.infomodel.NLaboItem;
import open.dolphin.infomodel.NLaboModule;
/**
*
* @author Kazushi Minagawa, Digital Globe, Inc.
*/
public class NLabParser implements LabResultParser {
private String encoding = "SHIFT-JIS";
private boolean DEBUG;
public NLabParser() {
}
/**
* 入力ストリームの検査結果をパースする。
* @param path
* @return
* @throws java.io.IOException
*/
@Override
public List<NLaboImportSummary> parse(Path path) throws IOException {
//public List<NLaboImportSummary> parse(File labFile) throws IOException {
String line;
String curKey = null;
NLaboModule curModule = null;
List<NLaboModule> allModules = new ArrayList<>();
List<NLaboImportSummary> retList = new ArrayList<>();
SimpleDateFormat defaultDF = new SimpleDateFormat(DEFAULT_DATE_FORMAT);
SimpleDateFormat df8 = new SimpleDateFormat(DATE_FORMAT_8);
SimpleDateFormat df10 = new SimpleDateFormat(DATE_FORMAT_10);
BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(Files.newInputStream(path),getEncoding()));
int lineNo = 0;
while ((line = reader.readLine()) != null) {
lineNo++;
line=line.replaceAll("\"", "");
if (line.equals("") || line.length()==0) {
continue;
}
String[] data = line.split(CSV_DELIM); // CSV
if (data.length==0) {
continue;
}
String labCode = data[0]; // Lab code
String patientId = data[1]; // 患者ID
String sampleDate = data[2]; // 検体採取日（受付日）
String patientName = data[3]; // 患者氏名
String patientSex = data[4]; // 患者性別
int baseIndex = 5;
if (DEBUG) {
StringBuilder sb = new StringBuilder();
sb.append("------------------------------------------").append("\n");
sb.append(lineNo).append(" ");
sb.append(labCode).append(" ");
sb.append(patientId).append(" ");
sb.append(sampleDate).append(" ");
sb.append(patientName).append(" ");
sb.append(patientSex);
System.err.println(sb.toString());
}
sampleDate = sampleDate.replaceAll("/", "-");
Date date = null;
// 検体採取日、時刻
try {
if (sampleDate.length()==8) {
// yyyyMMdd
date = df8.parse(sampleDate);
} else if (sampleDate.length()==10) {
// yyyy-MM-dd
date = df10.parse(sampleDate);
} else if (sampleDate.length()==16) {
// yyyy-MM-dd HH:mm
date = defaultDF.parse(sampleDate);
}
// yyyy-MM-dd HH:mm
sampleDate = defaultDF.format(date);
} catch (Exception e) {
java.util.logging.Logger.getLogger(this.getClass().getName()).warning(e.getMessage());
throw new IOException(e.getMessage());
}
//s.oh^ 2014/10/02 ラボデータ透析前後対応
if(data.length >= 8 && data[7] != null && !data[7].isEmpty()) {
if(data[7].equals("1") || data[7].equals("2")) {
sampleDate = sampleDate.replaceFirst(" 00:00", " 00:0" + data[7]);
}
}
//s.oh$
//---------------------------------------------
// 検査箋（検査モジュール）のキー
// = patientId.sampleDate.labCode
//---------------------------------------------
String testKey;
StringBuilder buf = new StringBuilder();
buf.append(patientId);
buf.append(".");
buf.append(sampleDate);
buf.append(".");
buf.append(labCode);
testKey = buf.toString();
if (!testKey.equals(curKey)) {
// 新しい current module を生成する
curKey = testKey;
curModule = new NLaboModule();
curModule.setLaboCenterCode(labCode);
curModule.setPatientId(patientId);
curModule.setPatientName(patientName);
curModule.setPatientSex(patientSex);
curModule.setSampleDate(sampleDate);
curModule.setModuleKey(curKey); // Key
allModules.add(curModule);
}
NLaboItem item = new NLaboItem();
item.setPatientId(patientId); // カルテ番号
item.setSampleDate(sampleDate); // 検体採取日
item.setLaboCode(labCode);
int index = 0;
while (true) {
if ((baseIndex+index)>=data.length) {
break;
}
String val = data[baseIndex+index];
if (val != null) {
val = val.trim();
}
if (val == null || val.equals("")) {
index++;
continue;
}
switch (index) {
case 0:
debug("乳ビ", val);
item.setLipemia(val); // 乳ビ
break;
case 1:
debug("溶血", val);
item.setHemolysis(val); // 溶血
break;
case 2:
debug("透析", val);
item.setDialysis(val); // 透析
break;
case 3:
debug("報告状況", val);
item.setReportStatus(val); // 報告状況
break;
case 4:
debug("グループコード", val);
item.setGroupCode(val); // グループコード
break;
case 5:
debug("グループ名称", val);
item.setGroupName(val); // グループ名称
break;
case 6:
debug("検査項目コード・親", val);
item.setParentCode(val); // 検査項目コード・親
break;
case 7:
debug("検査項目コード", val);
item.setItemCode(val); // 検査項目コード
break;
case 8:
debug("MEDISコード", val);
item.setMedisCode(val); // MEDIS コード
break;
case 9:
debug("検査項目名", val);
item.setItemName(val); // 検査項目名
break;
case 10:
debug("異常区分", val);
item.setAbnormalFlg(val); // 異常区分
break;
case 11:
debug("基準値", val);
item.setNormalValue(val); // 基準値
break;
case 12:
debug("検査結果", val);
item.setValue(val); // 検査結果
break;
case 13:
debug("単位", val);
item.setUnit(val); // 単位
break;
case 14:
debug("検体材料コード", val);
item.setSpecimenCode(val); // 検体材料コード
break;
case 15:
debug("検体材料名称", val);
item.setSpecimenName(val); // 検体材料名称
break;
case 16:
debug("コメントコード1", val);
item.setCommentCode1(val); // コメントコード1
break;
case 17:
debug("コメント1", val);
item.setComment1(val); // コメント1
break;
case 18:
debug("コメントコード2", val);
item.setCommentCode2(val); // コメントコード2
break;
case 19:
debug("コメント2", val);
item.setComment2(val); // コメント2
break;
}
index++;
}
// 検査結果値がない場合
if (item.getValue() == null || item.getValue().equals("")) {
String resultValue = MIHOKOKU;
// 三菱化学メディエンスの場合
if (labCode.equals("M")) {
resultValue = NO_RESULT;
}
item.setValue(resultValue);
}
// Group Code, Name がない場合 Lab code を設定する
if (item.getGroupCode()==null || item.getGroupCode().equals("")) {
//System.err.println("item.getGroupCode()==null");
item.setGroupCode(item.getLaboCode());
item.setGroupName(item.getLaboCode());
}
//System.err.println(item.getGroupCode());
// 親コードがない場合 item code を設定する
if (item.getParentCode()==null || item.getParentCode().equals("")) {
item.setParentCode(item.getItemCode());
}
// 関係を構築する
curModule.addItem(item);
item.setLaboModule(curModule);
}
reader.close();
//s.oh^ 2014/05/29 DATフォーマット改善
// サマリを生成する
for (NLaboModule module : allModules) {
NLaboImportSummary summary = new NLaboImportSummary();
summary.setLaboCode(module.getLaboCenterCode());
summary.setPatientId(module.getPatientId());
summary.setPatientName(module.getPatientName());
summary.setPatientSex(module.getPatientSex());
summary.setSampleDate(module.getSampleDate());
summary.setNumOfTestItems(String.valueOf(module.getItems().size()));
summary.setModule(module);
retList.add(summary);
}
//createSummary(allModules, retList);
//s.oh$
return retList;
}
//s.oh^ 2014/05/29 DATフォーマット改善
private void createSummary(List<NLaboModule> allModules, List<NLaboImportSummary> retList) {
for(NLaboModule module : allModules) {
boolean dialysis1 = false;
boolean dialysis2 = false;
if(module.getItems() != null) {
for(NLaboItem item : module.getItems()) {
if(item.getDialysis() != null && item.getDialysis().equals("1")) {
dialysis1 = true;
}else if(item.getDialysis() != null && item.getDialysis().equals("2")) {
dialysis2 = true;
}
}
}
if(dialysis1 && dialysis2) {
NLaboModule module1 = copyNLaboModule(module, "1");
NLaboImportSummary summary1 = new NLaboImportSummary();
summary1.setLaboCode(module1.getLaboCenterCode());
summary1.setPatientId(module1.getPatientId());
summary1.setPatientName(module1.getPatientName());
summary1.setPatientSex(module1.getPatientSex());
summary1.setSampleDate(module1.getSampleDate());
summary1.setNumOfTestItems(String.valueOf(module1.getItems().size()));
summary1.setModule(module1);
retList.add(summary1);
NLaboModule module2 = copyNLaboModule(module, "2");
NLaboImportSummary summary2 = new NLaboImportSummary();
summary2.setLaboCode(module2.getLaboCenterCode());
summary2.setPatientId(module2.getPatientId());
summary2.setPatientName(module2.getPatientName());
summary2.setPatientSex(module2.getPatientSex());
summary2.setSampleDate(module2.getSampleDate());
summary2.setNumOfTestItems(String.valueOf(module2.getItems().size()));
summary2.setModule(module2);
retList.add(summary2);
}else if(dialysis1 || dialysis2) {
NLaboModule newModule = copyNLaboModule(module, (dialysis1 == true) ? "1" : "2");
NLaboImportSummary summary = new NLaboImportSummary();
summary.setLaboCode(newModule.getLaboCenterCode());
summary.setPatientId(newModule.getPatientId());
summary.setPatientName(newModule.getPatientName());
summary.setPatientSex(newModule.getPatientSex());
summary.setSampleDate(newModule.getSampleDate());
summary.setNumOfTestItems(String.valueOf(newModule.getItems().size()));
summary.setModule(newModule);
retList.add(summary);
}else{
NLaboImportSummary summary = new NLaboImportSummary();
summary.setLaboCode(module.getLaboCenterCode());
summary.setPatientId(module.getPatientId());
summary.setPatientName(module.getPatientName());
summary.setPatientSex(module.getPatientSex());
summary.setSampleDate(module.getSampleDate());
summary.setNumOfTestItems(String.valueOf(module.getItems().size()));
summary.setModule(module);
retList.add(summary);
}
}
}
private NLaboModule copyNLaboModule(NLaboModule module, String dialysis) {
NLaboModule ret = new NLaboModule();
ret.setLaboCenterCode(module.getLaboCenterCode() + dialysis);
ret.setPatientId(module.getPatientId());
ret.setPatientName(module.getPatientName());
ret.setPatientSex(module.getPatientSex());
ret.setSampleDate(module.getSampleDate().substring(0, module.getSampleDate().length() - 1) + dialysis);
StringBuilder sb = new StringBuilder();
sb.append(ret.getPatientId());
sb.append(".");
sb.append(ret.getSampleDate());
sb.append(".");
sb.append(ret.getLaboCenterCode());
ret.setModuleKey(sb.toString());
copyNLaboItem(module, ret, dialysis);
return ret;
}
private void copyNLaboItem(NLaboModule oldModule, NLaboModule newModule, String dialysis) {
for(NLaboItem item : oldModule.getItems()) {
if(item.getDialysis() != null && !item.getDialysis().equals(dialysis)) {
continue;
}
NLaboItem newItem = new NLaboItem();
newItem.setPatientId(item.getPatientId());
newItem.setSampleDate(item.getSampleDate());
newItem.setLaboCode(item.getLaboCode() + dialysis);
newItem.setLipemia(item.getLipemia());
newItem.setHemolysis(item.getHemolysis());
newItem.setDialysis(item.getDialysis());
newItem.setReportStatus(item.getReportStatus());
newItem.setGroupCode(item.getGroupCode());
newItem.setGroupName(item.getGroupName());
newItem.setParentCode(item.getParentCode());
newItem.setItemCode(item.getItemCode());
newItem.setMedisCode(item.getMedisCode());
newItem.setItemName(item.getItemName());
newItem.setAbnormalFlg(item.getAbnormalFlg());
newItem.setNormalValue(item.getNormalValue());
newItem.setValue(item.getValue());
newItem.setUnit(item.getUnit());
newItem.setSpecimenCode(item.getSpecimenCode());
newItem.setSpecimenName(item.getSpecimenName());
newItem.setCommentCode1(item.getCommentCode1());
newItem.setComment1(item.getComment1());
newItem.setCommentCode2(item.getCommentCode2());
newItem.setComment2(item.getComment2());
newModule.addItem(newItem);
newItem.setLaboModule(newModule);
}
}
//s.oh$
/**
* @return the encoding
*/
public String getEncoding() {
return encoding;
}
/**
* @param encoding the encoding to set
*/
public void setEncoding(String encoding) {
this.encoding = encoding;
}
private void debug(String item, String value) {
if (DEBUG) {
StringBuilder sb = new StringBuilder();
sb.append(item);
sb.append("=");
sb.append(value);
System.out.println(sb.toString());
}
}
}